牙颌畸形的病因，除了遗传因素之外，其它的原因都可包括在环境因素之内。环境因素可分为先天和后天两种。
先天因素引起的错颌牙
先天因素发生在胚胎时期，有时与遗传原因很难鉴别，但不一定具有遗传性。遗传因素都是先天性的，而先天因素则不一定是遗传性的。先天因素包括母体在妊娠期间的营养.疾病及损伤等，以及胎儿本身的因素，如内分泌、新陈代谢紊乱，损伤等。
(1)母体因素
妊娠期母体营养不良，缺少与胎儿生长发育有关的钙、磷、铁等矿物质及维生素 B、C、D 等，可造成胎儿发育不良或发育异常。如母亲患有风疹、内分泌功能失调、梅毒及其它传染病，也可影响胎儿颜面的生长发育。母体内分泌功能素乱可影响胎儿骨的钙化率骨缝的闭合时间、牙的萌出、乳牙根的吸收率，甚至导致牙齿发育不全、先天性梅毒，产生Hutchinzon 切牙及桑状磨牙，还可产生上颌发育不足小于下颌的畸形，从而使前牙成反颌或开颌。妊娠期间如母体受铺或大剂量放射线深部照射后，也可引起胎儿发育畸形。
(2)胎儿因素
1.分化因素
胎儿器官组织的分化失调，生长发育不正常，可产生形态、结构及功能异常，如面部发育全部或部分受阻。
2.胎儿本身的机能失调
胎儿本身的内分泌及新陈代谢失调，也可能发生畸形。在发育早期，胎儿的内分泌腺已参加本身的生长发育的调节，垂体激素控制生长的速度，甲状腺激素调节分化，胰腺激素影响新陈代谢等，如骨的钙化率、骨缝闭合及牙萌出时间、乳牙根吸收率、牙齿发育不全等均可受到影响。
3.子宫内环境因素
胎儿在子宫内的环境失常，如脐带缠绕、胎儿姿势不佳、膝和腿压迫面部致面部不对称，羊水压力异常或子宫损伤可导致下颌发育不全。孕期或临产时外伤都可引起胎儿畸形。
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