形成牙列不齐的原因很多而且复杂，其发生的过程可以是由单一因素或单一机理在起作用，也可以是两种以上的多种因素或多种机理共同起作用的结果。归根结底,不外乎遗传性和获得性两大因素。
牙列不齐的原因：
遗传性因素
主要为种族演化和退化，遗传性因素大约占30%。在人类进化的过程中,原始人从爬行到直立行走身体重心发生改变,支持头部的颈背肌逐渐减弱,为了适应头部的平衡,颌骨逐渐退化缩小,颅骨因脑量的增大而逐渐扩大,演化成现代人的颅面外形。
人类的食物越来越精细导致咀嚼器官的功能日益减弱，因而产生了咀嚼器官退化性缩小的遗传性状。然而这种退化呈不平衡现象，即牙槽颌骨的退化快于牙齿,颌骨容不下所有的牙齿导致牙列不齐、牙列拥挤。这是现代人错颌畸形的演化背景。牙列不齐的基因可以由亲代传给子代,常表现有家庭遗传倾向。
获得性因素
主要有以下几个方面:胎儿在生长发育过程中，由于缺少钙、磷、铁等矿物质以及维生素 B、C、D等与发育有关的物质,或者由于母亲在妊娠期罹患风疹、梅毒等传染性疾病,都可以造成胎儿发育不良或发育异常。婴儿在出生后，一些急性传染病,如猩红热、麻疹、水痘等,某些慢性疾病，如消化不良、胃肠炎等,和一些内分泌系统的疾病，如甲状腺功能异常、脑下垂体功能异常等，以及维生素A、C、D缺乏等都会影响颌骨和牙齿的发育。
还有一些口腔器官的功能性因素，如由于某些儿童日常所吃的食物过于精细,咀嚼功能没有得到充分的发挥,颌骨缺少足够的刺激而发育不足,导致牙列不齐、牙列拥挤。
另外，儿童的不良习惯如吮指、伸舌、吐舌、咬唇、咬物、偏侧咀嚼等习惯会引起各种各样的牙列不齐。儿童乳牙的早失和滞留，恒牙的早失和过早萌出以及多生牙和先天性缺牙等都会造成牙列不齐。
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