牙颌畸形的病因，除了遗传因素之外，其它的原因都可包括在环境因素之内。牙颌畸形的产生是遗传因素和环境因素相互作用的结果，是内源性因素与外源性因素对立统一的失调，环境因素又可分为先天因素和后天因素两种。
常见的先天性异常：
1.牙齿数目异常
(1)牙齿数目不足，先天缺牙分全无牙畸形及部分无牙畸形两种。缺牙常见于恒牙列,最常见的缺牙位为上下颌的第三磨牙，其次为上颌侧切牙、下颌切牙及下颌第二前磨牙。其它牙齿也可先天缺少，但较为罕见。缺牙的原因不明，但认为有家庭倾向性一一遗传因素及外胚叶形成不全等。至于第三磨牙的缺失则认为是由于人类演化过程中牙齿倾向减少的缘故
(2)牙齿数目过剩，牙齿数目比正常人多者称为多生牙或额外牙，发生的真正原因尚不知道。有人认为是牙板过长而发生的，也有人认为是恒牙胚分裂所致，或者是牙板断裂后残余上皮发生而成，也有人认为是返祖遗传。
多生牙生长的时间大约在8~9 岁，往往在恒牙萌出之前萌出，占据了恒牙的位置而造成恒牙错位畸形。有的多生牙不萌出而埋藏在颌骨内或者成为阻生。多生牙往往不止一个发现多生牙时应进一步作 X 线检查。
2.牙齿形态大小异常
(1)牙齿大小异常，牙齿大小与颌骨不相协调，可引起牙颌畸形。牙齿过小，颌骨相对大，形成牙列稀疏。反之牙齿巨大，颌骨相对小，形成牙列拥挤。
(2)牙齿形态异常，锥形牙齿,并生牙均可造成牙弓畸形。
3.阻生牙埋藏牙
阻生牙是不能正常萌出、而受阻或埋藏于颌骨内的牙齿。最常见的阻生牙为下颌第三磨牙，其次为上颌第三磨牙、上颌尖牙以及下颌第二前磨牙，阻生牙在萌出过程中可造成已经正畸矫治后的牙列遭到破坏，或者有的可将第二磨牙推向颌面而形成轻度高位，致使第一恒磨牙之前的牙列呈开颌状态。
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