先天因素发生在胚胎时期，有时与遗传原因很难鉴别，但不一定具有遗传性。也可以这样说: 遗传因素都是先天性的，而先天因素则不一定是遗传性的。先天因素包括母体在妊娠期间的营养、疾病及损伤等，以及胎儿本身的因素，如内分泌失调、新陈代谢紊乱、损伤等。
先天因素的种类：
1.母体因素
妊娠期母体营养不良，缺少与胎儿生长发育有关的钙、磷、铁等矿物质及维生素B、C、D等，可造成胎儿发育不良或发育异常。如母亲患有风疹、内分泌功能失调、梅毒及其它传染病，也可影响胎儿颜面的生长发育。母体内分泌功能亲乱可影响胎儿骨的钙化率、骨缝的闭合时间、牙的萌出、乳牙根的吸收，甚至导致牙齿发育不全，先天性梅毒产生 Hutchinzon切牙及桑椹状磨牙，还可产生上颌发育不足、小下颌畸形，从而使前牙成反颌或开颌。妊娠期间如母体受铺或大剂量放射线深部照射后，也可引起胎儿发育畸形。
2.胎儿因素
(1)分化因素胎儿组织器官的分化失调、生长发育不正常，可产生形态、结构及功能异常如面部发育全部或部分受阻。
(2)胎儿本身的机能失调 胎儿本身的内分泌及新陈代谢失调,也可能发生形。在发育早期、胎儿的内分泌腺已参加本身的生长发育的调节，垂体激素控制生长的速度，甲状腺激素调节分化，胰腺激素影响新陈代谢等。如骨的钙化率、骨缝闭合及牙萌出时间、乳牙根吸收率、牙齿发育不全等均可受到影响。
(3)子宫内环境因素 胎儿在子宫内的环境失常，如脐带缠绕、胎儿姿势不佳、膝和腿压迫面部致面部不对称,羊水压力异常或子宫损伤可导致下颌发育不全。孕期或临产时外伤都可引起胎儿畸形。
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