错颌畸形是由于先天和后天的各种因素作用于牙、颌、面软硬组织所造成的结果。这些因素通过对骨骼、肌肉及牙齿的影响,形成各种各样的错颌。安格尔分类法虽然简便，但并不能表明错颌畸形的起源，而在临床上了解错颌畸形最初的起因比简单的形态学分类更有实践意义。根据对引起错颌畸形的组织结构改变的定位分析可以将错颌畸形分为骨源性、肌源性和牙源性三类。
(1) 骨源性错颌
骨源性错颌是指颅面复合体生长发育异常。在儿童生长发育过程中,任何一块骨的大小、形态以及各块骨之间的比例异常都可能造成骨源性错颌畸形。
如安格尔第Ⅲ类错颌是指下颌骨过度发育,而安格尔第Ⅱ错颌则是指下颌发育不足或处于后缩位置。这些都是因为骨骼异常而形成的错颌畸形，均属于骨源性错颌。
骨的发育型从某种程度上可以不依赖牙或较少受矫治力的影响，而上、下颌骨其余的部分即槽突很容易为牙齿运动所改形。
异常的肌肉收缩容易改变牙槽突的形成，但只有更为严重的肌肉功能异常并且持续更长的作用时间才会影响基骨。有一些矫治器可用于矫治齿槽突齿槽区，另有一些矫治器可作用于基骨,对影响基骨而造成的错颌具有显著的矫形作用。
深覆颌、开颌以及后牙段的颊舌向错颌大多都有明显的骨骼改变，因而均属于骨源性错颌。骨源性错颌的治疗较为困难，严重者需要外科正畸。
(2) 功能性错颌
功能性错颌是指在神经-肌肉参与下因期发生或等引起颌面肌肉功能异常而造成的错颌畸形。任何在下运动或肌肉收缩协调性上的持续改变都可以导致面部骨路的异常生长或牙位置的异常，如长期的口腔不良习惯异常的下颌开闭口运动、异常吞咽习惯、口呼吸等,均可使咀嚼器官处于一个异常的肌力作用环境之中,从而引起上牙弓狭窄、开颌、下颌后缩等畸形。
尽管如此，上、下颌骨的大小或形状和磨牙的位置可以是基本正常的。对功能性错颌应该尽早娇治，因为早期阻断异常的神经-肌肉反射，治疗方法简单，预后良好;若任其发展,将导致槽和骨骼异常。
(3) 牙源性错颌
牙源性错颌畸形主要涉及牙齿及牙槽区，表现为牙位置的异常以及牙齿数目、大小,形态的异常等。多数安格尔第Ⅰ类错颌具有牙源性的特征。但必须注意确定牙齿的异常是真正牙源性的问题还是继发于骨性生长或异常的肌肉功能。牙源性错颌为简单错颌，治疗一般比较容易。
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